Cuando se produce una lesión, el trabajo se centra en restaurar la función, la fuerza, flexibilidad y la movilidad de la zona afectada por la lesión.

Uno de los principales objetivos es el acortamiento del tiempo de recuperación. Cada tejido tiene unos plazos determinados para regenerarse, pero el fisioterapeuta puede ayudar a reducir esos tiempos.
El trabajo se realiza con una estrecha colaboración del paciente para poder diseñar un plan de tratamiento progresivo, que se adapte a las necesidades y objetivos de la recuperación.
El tratamiento puede incluir técnicas de terapia manual, técnicas invasivas, modalidades de electroterapia y termoterapia, estiramientos, vendajes, ejercicios de fortalecimiento y propiocepción.
Una vez que se va progresando en la rehabilitación el fisioterapeuta proporciona la orientación para el proceso de readaptación al deporte. Una transición gradual a las actividades deportivas específicas con planes individualizados a cada deportista para evitar las recaídas.
Además de tratar las lesiones una parte fundamental en la fisioterapia deportiva es la prevención. Identificando y abordando los factores de riesgo de las lesiones deportivas antes de que ocurran. Esto puede incluir la evaluación de la biomecánica del gesto deportivo, corrección de desequilibrios musculares, diseño de programas específicos e individualizados y la educación sobre la prevención de lesiones; asesorando sobre temas relacionados con la salud y bienestar como la nutrición, el descanso y la recuperación.